堿性造紙為微生物的繁殖提供了比酸性造紙更好的環境，像紙機的車速和溫度、留著率、無機物沉淀類型、微生物類型等。微生物產生會影響殺菌劑的效果和脫水元件的能力，改變周圍的環境（pH、溫度等），會帶來紙病嚴重時會引起斷紙，這些膠粘物還可以幫助微生物吸附于物體表面并為其提供更多的食物來源。微生物作用也能使紙料和漿料的腐敗。化學漿所能提供給微生物的營養小，因為在化學漿制漿時所用的化學物質會溶解木材中許多物質，留下纖維素和一些木質素。隨后大多數可溶解物質在洗滌過程中就被從化學漿中除去。而機械漿例如磨木漿，則制漿過程會保留木材中的所有營養物質。因此，在其他因素相同時機械漿發生腐敗的可能性大于化學漿。漿料的腐敗會帶來一系列的問題：如失去有用的纖維，紙張喪失應用的強度，紙漿退色等。