造紙過程中常見的微生物種類有細菌、 真菌和酵母菌( 見表 1) 。 從表中可以看出, 各種微生物生長的共性是要有充足的碳源、 氮源和礦物質, 其次是適宜的溫度, 最好為室溫。 區別在于各種微生物在不同的 pH 值下生長, 污染產物各異, 而且對氧的需求也不一樣。 因此, 對于堿性造紙, 微生物的種類以細菌種屬為主; 而對于酸性造紙, 則以真菌和酵母菌為主, 這樣在選擇殺菌劑時就必須分別對待。

       漿料中的微生物以兩種方式存在, 一種是浮游的, 一種是固著的。 生物膜是由固著的各種微生物相互作用形成的, 主要是利用其周邊環境中的營養物質以及代謝產物生長和繁殖。 克瑞克勒仕和馬歇爾曾指出: 對于微生物來說,附著于物體表面是其競爭的優勢之一。 因為避免了被液體沖走, 從而使微生物接觸多種營養成分的機率隨著流體的流動變化而增加了。 在生物膜中, 存在著不同的氧濃度梯度。 這個變化的氧濃度梯度能滿足不同種類的微生物氧需求。 除了紙機上沉積物問題之外, 微生物作用也能造成紙料、 漿料和化學添加劑的腐敗。 例如, 未涂布紙, 有時在復印時發出很難聞的氣味。 這個問題起源于漿槽中纖維的防腐方法不恰當, 厭氧細菌大量生長。 這些厭氧細菌產生大量揮發性脂肪酸, 例如丙酸、 丁酸等。 漿槽中的厭氧細菌在生長的同時也產生有害及爆炸性氣體, 如氫氣和硫化氫等, 因而這類微生物污染可造成嚴重傷亡事故。 同時由生物膜產生的酸性產物導致漿料酸堿性波動, 同時腐蝕生物膜下面的固體表面, 使固體表面出現疤痕和凹凸不平。

      當微生物多聚體基質沉積在紙機或管壁時, 它就會捕獲各種有機物和無機物顆粒, 甚至也鉤連纖維。 這些微生物污染源能降低紙漿物理性能, 可使各種添加劑失效。 當這些沉積物松脫而混于紙漿中時, 將引起紙病, 如洞眼、色斑、 針眼等, 嚴重時會持續在紙機上造成臟料斷紙。 國外有研究表明這些類似于瀝青的沉淀物大部分是由微生物引起的, 此外微生物對紙機性能的負面影響還有: 堵塞毛毯, 降低毛毯的使用壽命; 增加紙張表面的針孔( 主要是由酵母引起) ; 產生臟的漿料等。