按殺菌劑的來源，可將殺菌劑分為四類。

（1）礦物源殺菌劑：是指由天然礦物原料的無機化合物或礦物油經加工制成的殺菌劑。包括無機硫殺菌劑、無機銅殺菌劑和礦物油等。這類殺菌劑是植物病害化學防治中廣泛使用的一類殺菌劑。無機硫殺菌劑主要防治多種作物的白粉病、小麥銹病、蘋果黑星病和炭疽病等；無機銅殺菌劑用來防治多種作物的霜霉病、炭疽病等；礦物油主要防治花卉或蔬菜的白粉病。

（2）植物源殺菌劑：是指利用植物資源開發的殺菌劑。包括從植物中提取的活性成分、植物本身和按活性結構合成的化合物及衍生物。

（3）微生物殺菌劑：細菌、真菌、放線菌等微生物及其代謝產物和由它們加工而成的具有抑制植物病害的生物活性物質。微生物殺菌劑主要有農用抗生素(武夷菌素、井岡霉素、春雷霉素、中生菌素、鏈霉素和申嗪霉素等)、真菌殺菌劑(寡雄腐霉、木霉菌、淡紫擬青霉)、細菌殺菌劑(枯草芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌）等類型。

（4）有機殺菌劑：指在一定劑量或濃度下，具有殺死植物病原菌或抑制其生長發育的有機化合物。20世紀60年代以后，有機殺菌劑得到蓬勃發展，是目前殺菌劑中數量最多的一類殺菌劑。如三唑類殺菌劑、甲氧基丙烯酸類殺菌劑、酰胺類殺菌劑、二甲酰亞胺類殺菌劑、咪唑類殺菌劑等。

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