造紙過程中常見的微生物種類有細(xì)菌和真菌（包括酵母菌和粘液菌）。各種微生物生長的共性是要有足夠的碳源、氮源和礦物質(zhì)，其次是適宜的溫度，最好為室溫。對堿性造紙微生物以細(xì)菌種屬為主；而對酸性造紙則以真菌為主。

細(xì)菌：細(xì)菌是一種普遍存在于自然界中的原核生物，即單細(xì)胞生物。細(xì)菌基本的形狀有球狀、桿狀和螺旋狀等。細(xì)菌的細(xì)胞膜包含了細(xì)胞質(zhì)、遺傳物質(zhì)和酶等，它是細(xì)胞與外界進(jìn)行新陳代謝的橋梁。大多數(shù)種類細(xì)菌的外層都有一層堅硬的細(xì)胞壁，它是由細(xì)菌特有的一類肽聚糖構(gòu)成。細(xì)菌的體積較小，其細(xì)胞的直徑一般在1~500微米。細(xì)菌適宜在堿性范圍內(nèi)、溫度在25~30℃之間繁殖，對氧氣的需求一般，其新陳代謝的產(chǎn)物主要有氨、胺、酸和二氧化碳?xì)怏w等。 在造紙過程中細(xì)菌是主要大量存在得微生物種類，也是引起微生物污染的主要元兇。因為它們有著非常簡單的結(jié)構(gòu)，能夠很快的適應(yīng)周圍的環(huán)境。并且在造紙過程中有著非常有利于細(xì)菌生長繁殖的環(huán)境，特別是堿性造紙。

真菌：真菌是一種普遍存在的單細(xì)胞或多細(xì)胞（包含多核細(xì)胞）生物，其中真核類的細(xì)胞中不含有葉綠素。和細(xì)菌不同，大多數(shù)種類真菌的細(xì)胞壁是由多聚糖構(gòu)成。真菌可以分為兩大類：真菌類和粘液菌類。 大部分真菌的細(xì)胞壁上都連接著一種叫作菌絲的物質(zhì)，菌絲是一種管狀的有分枝或無分枝的細(xì)絲，大量的菌絲連接在一起形成菌絲體。例如酵母這種在造紙過程中常見的真菌，它的菌絲體可以延伸很大的范圍，以幫助酵母菌從周圍的環(huán)境中獲得更多的營養(yǎng)元素。

在造紙過程中真菌主要以酵母和粘液菌的形式存在。和細(xì)菌相比真菌是一種體積大而且更復(fù)雜和更特殊得微生物（體積是細(xì)菌的50倍）。許多真菌具有很強的抗?jié)B透性，例如在一些造紙助劑中有可能發(fā)現(xiàn)真菌類微生物。另外，真菌能夠適應(yīng)很寬的pH值范圍，尤其在酸性范圍內(nèi)。真菌也能夠在很高的溫度下（50℃以上）生存。但是與細(xì)菌相比，真菌在造紙過程中的數(shù)量很少，因為其生長繁殖的速度要比細(xì)菌小得多。

粘液菌一般會在紙機上形成纖維狀或絨毛狀的沉淀物或生物膜，而酵母則較易形成橡膠狀或皮革狀的生物膜。任何一種生物膜都有可能帶有顏色。當(dāng)粘液菌和酵母菌存在于漿料或白水中時，纖維、填料、化學(xué)助劑和其他一些微生物都會被吸附在由粘液菌和酵母菌形成的生物膜或沉淀物中，直到脫落進(jìn)人到漿料中。由于真菌的含量較少與細(xì)菌相比其形成生物膜或沉淀物的可能性要小的多。真菌對造紙化學(xué)品如瓷土、淀粉、二氧化鈦、鋁土和涂料等有著重要的影響。其中，鋁土最容易受到污染，使其pH值波動而產(chǎn)生沉淀，從而堵塞設(shè)備。